La Casa de las Academias es el lugar sede de la Academia. Fue conocido años atrás como la Casa Dueñas, Se trata de un inmueble de gran valor arquitectónico e histórico construido en el año de 1919, en los limites del antiguo barrio de Santa Lucía, frente al Campo Marte, hoy Parque Infantil. Por mucho tiempo la Casa Dueñas estuvo deshabitada, y a causa de los terretomos de febrero de 2001 quedó parcilamente dañada, y su situación fue de mayor abandono.

En el año 2003 fue sometida a un proceso de restauración para albergar la sede de la Academia salvadoreña de la Historia y de la Academia Salvadoreña de la Lengua.

Las lablores de restauración fueron finalizadas ene año de 2004, y en el año 2005 abrio sus puertas como un nuevo centro cultural en pleno centro de la ciudad de San Salvador. Lugar que se ha tornado de mucho dinamismo academico y cultural.

La restauración y puesta en funciones fue un logro del esfuerzo de la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI), y del  Consejo Nacional para la Cultura y el Arte (CONCULTURA), con el apoyo proporcinado de empresas como Telefónica, La Centro Americana- Fundación Mapfre-Tavera, Grupo Santillana, asi como de las Reales Academias de la Historia y de la Lengua con sede en Madrid, y de las Academias de Historia y de la Lengua salvadoreñas.

Actualmente, la Casa de las Academias es un espacio desde el cual las dos instituciones emprenden su labor con medios renovados. Cuenta con una biblioteca, con espacios de trabajo para los académicos e investigadores, y facilidades para el desarrollo de actividades de investigación, difusión académica y cultural al servicio de la ciudadanía.