La Casa de las Academias tiene su sede en la antigua Casa Dueñas, un  inmueble de gran valor arquitectónico cuya construcción fue realizada en 1919 en los límites del antiguo barrio de Santa Lucía, frente al Campo de Marte, hoy parque Infantil.  Por mucho tiempo la Casa Dueñas estuvo deshabitada y a causa de los terremotos de febrero de 2001 su situación era de abandono y precariedad. En el año 2003 fue sometida a un proceso de restauración para albergar las sedes de las Academias Salvadoreñas de la Lengua y de la Historia.

Los trabajos fueron finalizados en el año de 2004 y en 2005 abrió sus puertas como un nuevo centro cultural.

La remodelación y puesta en funciones ha sido un logro del esfuerzo conjunto de la Agencia Española de Cooperación Internacional (Aeci), del Consejo Nacional para la Cultura y el Arte (Concultura), de empresas como Telefónica, La Centro Americana- Fundación Mapfre-Tavera, Grupo Santillana, asi como de las Reales Academias de la Historia y de la Lengua, con sede en Madrid, y de las Academias Salvadoreñas.

Actualmente, la Casa de las Academias es un espacio desde el cual las dos instituciones emprenden su labor con medios renovados. Cuenta con una biblioteca, con espacios de trabajo para los académicos e investigadores, y facilidades para el desarrollo de actividades de difusión académica y cultural al servicio de la ciudadanía.